海藻糖有三种不同的正位异构体 (Anomers)，即α，α-海藻糖 (又叫蘑菇糖，Mycose)，α，β-海藻糖 (新海藻糖，Neotrehalose)和β，β-海藻糖 (异海藻糖，Isotrehalose)。海藻糖可以几种固体形式存在，最常见的是二水化合物。海藻糖的稳定性比蔗糖好，与氨基酸、蛋白质等混合在加热的条件下，也不会发生美拉德反应。其溶解度约是蔗糖的2/3，渗透压与蔗糖、麦芽糖等双糖相同，甜度只有蔗糖的45%左右，留在口中的后味较清爽。含两个结晶水的海藻糖不显示吸湿性，而无水海藻糖结晶有非常强的吸湿性，后者可作为干燥剂使用。

海藻糖具有抗干燥的作用，又具有良好的加工特性，化学性质稳定，不仅不发生美拉德反应，还能阻止还原糖和蛋白质的游离氨基反应，抑制美拉德反应的发生，而且由于甜度低，对食品的风味影响很少，在食品加工中的应用潜力主要是改进食品干燥工艺，加工出更好的食品。另外，含海藻糖的食品的复水速度也大大加快。